水箱自潔消毒器主要有兩種工作原理：
1. 微電解原理：
①這種類型的水箱自潔消毒器利用特殊材料制成的金屬電極，在適當的外加電壓作用下，使流經的水發生微電解反應。在這個過程中，水中溶解的氯離子、氧分子及水分子會產生多種強氧化性物質，如二氧化氯（ClO?）、活性氧（O）、臭氧（O?）、次氯酸（HClO）等。
②這些強氧化性物質會通過水的擴散，對水箱中的所有水以及水箱內壁進行處理。它們能夠破壞水中及水箱內壁的細菌、藻類等微生物細胞，從而達到消毒、滅藻的效果，還能在新管壁上生成氧化性被膜，抑制微生物腐蝕和沉積腐蝕。
2. 臭氧氧化原理：
①該原理是先通過設備使氧氣（或空氣）通過高頻高壓電場，將氧轉化為臭氧，然后讓臭氧及時與水混合。由于臭氧具有強氧化作用，所以能夠快速殺滅水中的細菌。
②可以通過改變進水壓力、氣量、電流等方式來調節臭氧的產生量，從而達到最佳的殺滅細菌效果。因為臭氧在水中的氧化還原電位較高，所以在臭氧量僅為氯的萬分之一時，滅菌效果就比氯及其它藥劑快 600 - 3000 倍，數秒內可殺死細菌。
這兩種工作原理的水箱自潔消毒器都能在一定程度上改善水箱內的水質，并且具有安裝方便、操作簡單、無需添加化學藥劑等優點。
